Archivos
Supongamos que /foo/srccontiene solo A.cy que /foo/destcontiene ambos A.cy B.c. Y supongamos que ejecuto el siguiente comando:
rsync /foo/src/ /foo/dest
Se rsyncborra B.c?
Carpetas
Ahora suponga que /foo/srccontiene el directorio Acon algunos archivos dentro y que /foo/destcontiene ambos directorios Ay B, cada uno con algunos archivos dentro de ellos. Y supongamos que ejecuto el siguiente comando (la opción -a incluye -r, recursivo):
rsync -a /foo/src/ /foo/dest
¿Se rsyncborrará By sus contenidos?

--deleteinterruptor.Respuestas:
De manera predeterminada, rsync no elimina archivos, pero eso depende de las opciones de comandos que especifique. Puede utilizar cualquiera de los siguientes si desea eliminar archivos:
Dado que llamó específicamente a la opción -a , esto es lo que dice la página de manual
Parece que la respuesta a su pregunta es NO, no se eliminará dados sus ejemplos.
HTH
fuente