Perdido permisos ejecutables + x después del cifrado de la carpeta de inicio

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He encriptado mi carpeta de inicio, donde tengo muchas instalaciones compiladas de Qt, y ahora cada archivo ejecutable en todas esas instalaciones ha perdido su bandera + x en los permisos, y no puedo ejecutarlas ni usarlas.

¿Hay alguna manera de arreglar esto y encontrar archivos ejecutables y restaurar los permisos?

Creo que debería haber un camino, aunque no lo sé; Ya que Nautilus (Ubuntu File Explorer) parece ser capaz de dar los iconos correctos para los ejecutables ¿Cómo puede saber que este archivo es un ejecutable para que le dé el icono correcto?

El físico cuántico
fuente
Los íconos que utiliza su explorador de archivos se basan (principalmente) en el mismo principio que el filecomando: números mágicos al comienzo de un archivo. Dejando eso de lado, ¿podría detallar el proceso que utilizó para cifrar su carpeta de inicio?
Daniel B
@DanielB Gracias por la información sobre el filecomando. El cifrado se realiza utilizando este tutorial: howtogeek.com/116032/…
The Quantum Physicist