Convertir texto a tabla

1

Me gustaría convertir el texto en una tabla. Aquí hay un enlace al texto

http://www.tcdb.org/public/tcdb

Breve ejemplo:

>gnl|TC-DB|A0CIB0|1.A.17.3.1 Chromosome undetermined scaffold_19, whole genome shotgun sequence OS=Paramecium tetraurelia GN=GSPATT00007662001 PE=4 SV=1
MDDQNQPILQEQPKPKQKKPLLNTKMVKKQKMQNKKEENLREILNFYTNQVDARKFLQKM
KAVVDSNQQEKKYQDDFLNPNEYNEMQDIYEDYNMGDLVIVFPNPDADGVKNPPITYKEA
PLTKTNFYSKIGNVSYENDIDELCVDEMEYLRNMRNVDGEHMDQDHVKEEI
>gnl|TC-DB|A0CS82|9.B.82.1.5 Chromosome undetermined scaffold_26, whole genome shotgun sequence - Paramecium tetraurelia.
MIIEEQIEEKMIYKAIHRVKVNYQKKIDRYILYKKSRWFFNLLLMLLYAYRIQNIGGFYI
VTYIYCVYQLQLLIDYFTPLGLPPVNLEDEEEDDDQFQNDFSELPTTLSNKNELNDKEFR
PLLRTTSEFKVWQKSVFSVIFAYFCTYIPIWDIPVYWPFLFCYFFVIVGMSIRKYIKHMK
KYGYTILDFTKKK

Quería tener columnas, por ejemplo, delimitadas con tubería |o;

|>gnl|TC-DB|A0CIB0|1.A.17.3.1| Chromosome undetermined scaffold_19, whole genome shotgun sequence OS=Paramecium tetraurelia GN=GSPATT00007662001 PE=4 SV=1|
MDDQNQPILQEQPKPKQKKPLLNTKMVKKQKMQNKKEENLREILNFYTNQVDARKFLQKM
KAVVDSNQQEKKYQDDFLNPNEYNEMQDIYEDYNMGDLVIVFPNPDADGVKNPPITYKEA
PLTKTNFYSKIGNVSYENDIDELCVDEMEYLRNMRNVDGEHMDQDHVKEEI

Estoy trabajando con Windows y no sé cómo hacerlo.

solo lo se

  • cada fila comienza con >
  • Quiero sustituir el primer espacio en blanco de una fila con un delimitador como |o;
  • después de la primera línea nueva de la expresión regular en una fila, también quiero un delimitador
  • todo entre la primera línea de expresión regular y >debe ir a una nueva columna (es una secuencia de una proteína)
regex Quattro
fuente
1
¡Bienvenido a Super User! Nuestro formato funciona un poco diferente: tendrá que sangrar el código por 4 espacios o presionar Ctrl-K. ¿Puedes revisar tu publicación y ver si se muestra correctamente ahora?
slhck
¿En qué sistema operativo estás haciendo esto? Eso determinará qué herramientas están disponibles.
EBGreen
Windows, como se dijo @ebg
slhck
lo siento, debería haber sido más claro. ¿Qué versión de windows?
EBGreen

Respuestas:

1

Si estuviera en su situación, probaría un editor con soporte de Expresión regular. Esta pregunta tiene algunas sugerencias para los editores como las respuestas.

También puede usar perl u otro lenguaje de programación con un fuerte soporte de Expresión Regular. Puede obtener una versión de perl de ActiveState o como parte de Cygwin . Cygwin también tiene editores con soporte de Expresión regular, pero para un buen editor de GUI necesitaría descargar y configurar la porción X-Server de Cygwin y esa puede ser una curva de aprendizaje empinada para que salte.

Rich Homolka
fuente