Uso rsync. Sincronizará los directorios en una dirección. Entonces, si desea actualizar su oldcarpeta con todo new, pero mantener lo que hay allí, simplemente use:
rsync -avh --dry-run /path/to/new/ /path/to/old/
Esto, en primera instancia, solo generará la lista de archivos que se transferirán. En ese caso: todo lo que se encuentre en él newse copiará old, a menos que ya esté allí. Todo en oldqueda como está.
Si te parece bien, elimina el --dry-runargumento para transmitirlos de verdad.
Las -avhbanderas solo habilitan el modo de archivo (que conservará las marcas de tiempo, etc.), la verbosidad y los tamaños de archivo legibles por humanos. No se eliminará nada del destino a menos que especifique la --deletebandera. Consultar man rsyncpara más información.