¿En qué directorio debo instalar programas en Linux?

Uso Linux durante 2 años en mi trabajo y sigo confundiendo dónde deberían permanecer mis programas instalados. Ahora uso, /opt/<program>por ejemplo, he instalado vim73 desde las fuentes allí (la razón para no usar el administrador de paquetes es que no hay una versión 7.3 VIMen mis fuentes, por ejemplo, /etc/apt/sources.listen mi Ubuntu).

Pero todos mis programas que instalé de fuentes anteriormente están dispersos entre FS en todas partes, como PHP 5.3.6 permanece en /opt/local/php53, apache en /etc/, vlc en /etc/mutimediaetc.

¿Hay alguna convención que pueda seguir?

Absolutamente. Se llama el estándar de jerarquía del sistema de archivos .