En Debian, una búsqueda rápida con aptitude me mostró los paquetes mp32ogg y dir2ogg. Echa un vistazo, tal vez hacen lo que necesitas.
ffmpeg(o más probablemente la bifurcación avconvsi está usando Debian o Ubuntu; estas instrucciones deberían aplicarse por igual a ambos, aunque nadie sabe qué tan separados pueden estar en el futuro) deberían estar en los repositorios de su distribución.
ffmpeg -i input.mp3 -c:a libvorbis -q:a 4 output.ogg
Para hacer un directorio completo lleno de MP3:
for f in ./*.mp3; do ffmpeg -i "$f" -c:a libvorbis -q:a 4 "${f/%mp3/ogg}"; done
Recursivamente, con find:
find . -type f -name '*.mp3' -exec bash -c 'ffmpeg -i "$0" -c:a libvorbis -q:a 4 "${0/%mp3/ogg}"' '{}' \;
Establezca la calidad de salida ajustando el valor de -q:a: para este códec, el rango es 0-10 y mayor proporciona una mejor calidad.
En versiones anteriores de ffmpeg, es posible que deba usar -acodecy en -aqlugar de -c:ay -q:a.
Por supuesto, la conversión de un formato con pérdida a otro no es ideal; Pero así es la vida.