Ya encontré una manera, pero me gustaría saber cómo hacerlo bien y rápido
Así es como lo hago:
- Abra el script en Avisynth Proxy
 - Inicie el proxy y Avidemux
 - Guarda el video en un archivo
 - Sube el archivo a Youtube
 
Problemas:
- es demasiado engorroso
 - Solo pude generar archivos sin comprimir hasta ahora
 

Respuestas:
Foro AviSynth
http://forum.doom9.org/showthread.php?t=160639
Mediacoder recomendado
http://www.mediacoderhq.com/
Lo probé y funcionó
fuente