¿Cómo convierto el audio desde la línea de comandos a la ImageMagick?

ImageMagick es una herramienta de línea de comandos útil y potente que puede recortar, escalar, rotar, cambiar el formato, aplicar efectos básicos (y algunos no tan básicos) a casi todo tipo de imágenes.

¿Cómo puedo unir pistas de audio, ajustar niveles y transcodificar formatos desde la línea de comandos?

Sí, se llama SoX

SoX es una utilidad de línea de comandos multiplataforma (Windows, Linux, MacOS X, etc.) que puede convertir varios formatos de archivos de audio de la computadora a otros formatos. También puede aplicar varios efectos a estos archivos de sonido y, como beneficio adicional, SoX puede reproducir y grabar archivos de audio en la mayoría de las plataformas.

Otro convertidor Soft: moo0 ffmpeg - convierte archivos de audio usando CMD (línea de comando).

es decir:

c:\folder\bin\ffmpeg -i input.mp4 output.mp3