No dice de qué versión de Windows está hablando (si está preguntando acerca de una versión específica).
En Vista, la actualización de Windows usa puntos de restauración del sistema: crea uno antes de instalar las actualizaciones (incluso, bastante molesto, las actualizaciones de patrones de Windows Defender).
Puede evitar que el instalador de Windows establezca puntos de restauración del sistema configurando (o creando) la clave de registro HKLM \ SOFTWARE \ Policies \ Microsoft \ Windows \ Installer \ LimitSystemRestoreCheckpointing con un valor de 1.
Una forma más ordenada de hacer esto en Business y Ultimate es ejecutar gpedit.msc y en Configuración de la computadora, Plantillas administrativas, Componentes de Windows, Instalador de Windows, haga doble clic en "Desactivar la creación de puntos de control de restauración del sistema" y configúrelo en Habilitado.
Tenga en cuenta que esto deshabilitaría la creación del punto de restauración del sistema para TODAS las instalaciones de software, no solo las actualizaciones de Windows.
No conozco ninguna forma de cambiar el comportamiento de Windows Update.