No puedes por algunas razones:
1) Si desea una restauración basada en imágenes donde la copia de seguridad es una sola imagen de disco, no podrá hacerlo ya que FAT32 tiene una restricción de tamaño máximo de archivo de 4GB.
2) Una copia de seguridad basada en archivos no funcionará, ya que FAT32 no admite las ACL de estilo UNIX (o las ACL de NTFS para el caso, no es que sea aplicable aquí). Esto significaría que, suponiendo que todos sus archivos tengan <4 GB, ninguno de los permisos se conservará, lo que significa que todo se arruinaría en una restauración.
3) La familia FAT no lleva un diario, por lo que es susceptible a la corrupción de datos. Este no es un impedimento tan grande como los dos primeros, pero es sin duda una razón por la cual los fabricantes de software de respaldo no se acercan a FAT32.
Sugerencia: siempre puede dividir su HDD externo en dos particiones. Un FAT32 o exFAT para compartir multiplataforma y un volumen HFS + para sus copias de seguridad de Mac.
Editar: como spiff señala correctamente, si desea iniciar desde el exterior después de volver a formatearlo, asegúrese de usar GPT y no MBR al crear los volúmenes.