He descargado 18 videos de una película de YouTube en .flv
formato.
¿Qué software puedo usar para combinar los 18 videos en uno?
Yo iria con Avidemux .
Primero los convertía en video en bruto, los fusionaba, los codificaba en x264 + ogg (mp4). Pero debes capturar esos archivos de películas en mejor calidad que ya viene en mp4. Díganos dónde lo obtuvo (si es un sitio para compartir videos como YouTube), hay una manera que supongo para obtener una copia mejor.