Los usuarios regulares que no son del sistema (incluidos los administradores) se dan Read and Execute
Los permisos para esta carpeta y mientras se puede cambiar para otras carpetas, Windows no le permitirá modificar esta carpeta de ninguna manera.
Puede ser propietario de la carpeta, pero Windows no le dará control total sobre la carpeta.
A modo de comparación, les he dado una imagen que adjuntó junto con capturas de pantalla de la configuración de permisos de mi carpeta de escritorio:
Su captura de pantalla: 
Mi primera captura de pantalla: 
Mi segunda captura de pantalla: 
Aunque recomiendo no eliminar la carpeta, la única forma posible de hacerlo es cuando Windows no se ha iniciado. O bien necesita una utilidad de arranque previo (hay algunos para modificar los registros de SAM pero no para su propósito específico) o un segundo sistema operativo. En mi opinión, el método del 'Segundo sistema operativo' es mejor, puede obtener una distribución de CD en vivo de casi cualquier sistema operativo Linux y usarlo para hacer cualquier cosa en su sistema que Windows restringe.
También puedes usar Desbloqueador para intentar deshacerme de la carpeta aunque dudo que funcione. También la gente en Win SysInternals ha creado. Asas para cerrar procesos enlazados (también conocidos como manejadores).
Descargo de responsabilidad: No asumo ninguna responsabilidad por cualquier daño o daño causado por el uso de los métodos indicados anteriormente o siguiendo el consejo indicado anteriormente.
icacls D:\WindowsApps
? Además, ¿cambió la configuración de seguridad para permitir el control total después de tomar posesión? (Tomar posesión no te da tanto poder como piensas).