El programa antivirus no conoce la contraseña, por lo que no puede verificar si hay un virus dentro.
Por lo tanto, le alerta de que no puede comprobar si hay un virus.
Probablemente, esto es para evitar que los atacantes le envíen un archivo protegido por contraseña e incluyan la contraseña en el correo electrónico.
Un virus podría infectar un archivo protegido por contraseña, ya sea reemplazando el archivo completo por uno nuevo que contenga el virus (destruyendo todo lo que estaba en el archivo original) o descifrando la contraseña. (Esto dependerá de la seguridad de su contraseña y de la seguridad del cifrado)
Proteger con contraseña el archivo no impedirá que un virus lo elimine por completo. (No hay diferencia entre eliminar un archivo protegido por contraseña y eliminar cualquier archivo normal)