Configuración de Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [cerrado]

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Hace unos días vi una publicación sobre cómo configurar un SweaveR, que permitiría a un usuario exportar directamente cosas como tablas, gráficos, etc. a Latex. No pude seguir las instrucciones.

¿Alguien puede dar instrucciones paso a paso sobre cómo hacerlo en Mac y Windows?

r GKED
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Esta pregunta casi no tiene nada que ver con las estadísticas aplicadas o teóricas, y habría votado para cerrar si no se hubieran dado respuestas (exhaustivas).
chl
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@ chl, ¿a dónde irían estas preguntas? Me pareció bastante difícil encontrar referencias sobre la configuración de R, sweave y latex cuando comencé, por eso respondí.
richiemorrisroe
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@richiemorrisroe Bueno, al menos una comprobación rápida de SO y Google sería útil (en mi humilde opinión). No estoy criticando la pregunta en sí, solo el hecho de que tales preguntas no están realmente en línea con las preguntas frecuentes de CV y las otras preguntas aquí, pero puedo estar equivocado. Sin embargo, he votado tu respuesta y la de @ PaulHurleyuk. Supongo que esta pregunta se mantendrá viva debido a sus respuestas (aunque ya hay un voto para cerrar, que también fue el motivo de mi advertencia).
chl

Respuestas:

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Uso Eclipse / StatEt para producir documentos con Sweave y LaTex, y encuentro que Eclipse es perfecto como entorno de edición. Puedo recomendar las siguientes guías:

También uso MikTex en Windows y encuentro que todo funciona muy bien una vez que está configurado. También hay algunas buenas preguntas y respuestas sobre Stack Overflow .

PaulHurleyuk
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Para mí, descubrí que Eclipse era excesivo para la creación de artículos científicos. Entonces, para Windows, lo que hice fue lo siguiente: Instalar Miktex 2.8 (? No estoy seguro de la versión). Asegúrese de instalar Miktex en un directorio como C: \ Miktex, ya que Latex odia las rutas de archivos con espacios en ellas. Asegúrese de seleccionar la opción para instalar paquetes sobre la marcha.

También asegúrese de que R esté instalado en algún lugar donde Latex pueda encontrarlo, es decir, en una ruta sin espacios. Instalé el centro TechNix como mi programa para escribir documentos, pero hay muchos otros como WinEdt, eclipse, texmaker, o incluso Emacs. Ahora, asegúrese de tener \ usepackage {Sweave} y usepackage {graphicx} en su preámbulo. Como estoy seguro de que sabe, debe poner <> = al comienzo de su fragmento R y finalizarlo con @. Necesitará el paquete xtable o Hmisc para convertir objetos R a un formato de látex.

Me gusta xtable, pero probablemente necesites hacer un poco de malabarismo con los objetos para obtener una forma que xtable acepte (salidas lm, marcos de datos, matrices). Al insertar una tabla, asegúrese de poner la opción results = tex en su preámbulo para el fragmento de código, y si necesita una figura, asegúrese de que la opción fig = TRUE también esté allí. También solo puedes generar una figura por trozo, así que tenlo en cuenta. Algo con lo que hay que tener mucho cuidado es que el código R está en el extremo izquierdo de la página, ya que si está encerrado en un entorno, se ignorará (esto me llevó mucho tiempo descubrirlo).

Debe guardar el archivo como .Rnw: asegúrese de que cualquier programa de texto que utilice no incluya un .tex después de esto, ya que esto causará problemas.

Luego ejecute R CMD Sweave foo.Rnw desde la línea de comando, o desde R ejecute Sweave ("foo.Rnw"). Inevitablemente fallará en algún momento (especialmente si no ha hecho esto antes), así que simplemente depure su archivo .Rnw, enjuague y repita.

Si es la primera vez que hace esto, puede resultar más fácil codificar todos los análisis R desde dentro de r, y luego usar sentencias de impresión para insertarlas en LaTex. Sin embargo, no recomendaría esto como una buena idea, ya que si descubre que su archivo de datos tiene errores al final de este procedimiento (como lo hice el fin de semana pasado), deberá volver a ejecutar todos sus análisis, lo que si pudiera desde el interior del látex desde el principio, se puede evitar.

Además, los cálculos de Sweave pueden llevar algo de tiempo, por lo que es posible que desee utilizar el paquete R cacheSweave para guardar los análisis de ejecución. Aparentemente, el resaltado del paquete R permite la codificación de color del código R en los documentos, pero no lo he usado.

Nunca he usado látex o R en una Mac, por lo que dejaré esa explicación a otra persona. Espero que esto ayude.

richiemorrisroe
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RStudio (rstudio.org) facilita las cosas suponiendo que LaTeX ya esté instalado en su sistema. Hay un botón PDF que ejecuta el código a través de Sweave, luego lo ejecuta a través de pdflatex y lanza un visor de pdf.

Frank Harrell
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+1 estoy de acuerdo. Si bien no es una respuesta directa a la pregunta de GKED, creo que los usuarios que buscan herramientas como StatET son a menudo los mismos que podrían beneficiarse de RStudio (es decir, no necesariamente los usuarios que se sumergen en Emacs / ESS con entusiasmo). Si bien R Studio y StatET ofrecen una funcionalidad similar, RStudio gana en la facilidad de las apuestas de configuración.
Jeromy Anglim
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Instalé esta suite recientemente y seguí las instrucciones según las instrucciones aquí .

Hay enlaces a todos los componentes de software necesarios. Yo uso MiKTex para todos los componentes de LaTex.

Existen algunas dificultades si planea usar ventanas de 64 bits, ya que necesitará el tiempo de ejecución adicional de Java de 64 bits. Esto es bastante fácil de superar si va a java.com en un IE de 64 bits y verifica su instalación, lo dirigirá al instalador de 64 bits que de otro modo es difícil de encontrar.

Para evitar perder el tiempo con las variables de ruta, simplemente extraje la carpeta eclipse en C: \ Archivos de programa, ya que aquí es donde vive Java y R. de 64 bits. Desde aquí, las opciones de configuración en eclipse pueden ejecutarse fácilmente y encontrar los parámetros adecuados.

Espero que esto ayude.

John
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