Actualmente estoy trabajando en un proyecto que involucra GLM (y eventualmente GAM) de algunos datos de conteo a lo largo del tiempo. Normalmente haría esto en SAS, pero estoy tratando de pasar a R y tengo ... problemas.
Cuando ajusto un GLM para contar datos usando lo siguiente:
cdi_model <- glm(counts ~ exposure + covariate + month, data=test, family = poisson)
Yo obtengo:
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.9825 -0.7903 -0.1187 0.5717 1.7649
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 1.97563 0.20117 9.821 < 2e-16 ***
exposure 0.94528 0.30808 3.068 0.00215 **
covariate -0.01317 0.28044 -0.047 0.96254
months -0.03203 0.01303 -2.458 0.01398 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)
Null deviance: 40.219 on 29 degrees of freedom
Residual deviance: 29.297 on 26 degrees of freedom
AIC: 137.7
Number of Fisher Scoring iterations: 5
Ignore por un momento el rendimiento, o la falta de él, del modelo en sí, principalmente jugando con sintaxis y similares en este momento.
Sin embargo, cuando trato de ajustar los datos de la tasa (recuentos / persona-días) y uso un desplazamiento de esta manera:
cdi_model <- glm(count_rate ~ exposure + covariate + months + offset(log(pd)), data=test, family = poisson)
Recibo más de 50 advertencias, todas "1: en dpois (y, mu, log = TRUE): no entero x = 0.002082" etc. Eso es más de uno para cada observación (solo hay 30 en el conjunto de datos).
Además, el ajuste del modelo parece ir a la olla. Salida de la siguiente manera:
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-0.0273656 -0.0122169 0.0002396 0.0072269 0.0258643
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -15.40110 15.12772 -1.018 0.309
exposure 0.84848 22.18012 0.038 0.969
covariate -0.02751 21.31262 -0.001 0.999
months -0.01889 0.95977 -0.020 0.984
(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)
Null deviance: 0.0068690 on 29 degrees of freedom
Residual deviance: 0.0054338 on 26 degrees of freedom
AIC: Inf
Number of Fisher Scoring iterations: 9
A pesar de esto, si calculo la tasa predicha contra los datos reales, el ajuste no se ve mucho peor, y la estimación del efecto real no parece cambiar tanto.
¿Alguien tiene una idea de lo que está sucediendo, o si todo va bien y me falta algo debido a la inexperiencia?
(counts/thing)
entonces, el modelo lineal logarítmico es casi siemprecounts ~ ... + offset(log(thing))
. Y mientras estamos adivinando cosas, también predigo quelog(pd) == exposure
...