Antes de publicar esta pregunta, examiné otras preguntas en esta pila, ¡y esto probablemente será un paseo por el parque para cualquiera que lo lea! Pero la descripción de esta pila incluye análisis y visualización de datos, ¡así que espero que esté en el lugar correcto!
</preapology>
Estoy usando una Raspberry Pi con un imán y un sensor de láminas para registrar lo que mi hámster hace por la noche. El Pi registra cada rotación de la siguiente manera:
2014-09-04 00:20:04.987819,1
2014-09-04 00:20:16.219891,2
2014-09-04 00:20:17.260086,3
2014-09-04 00:20:20.031204,4
2014-09-04 00:20:20.907755,5
...
Es cuando se trata de hacer algo con los datos con los que me gustaría recibir ayuda. Aquí hay un ejemplo de un análisis diario que produce el Pi:
¡Hola papi!
Anoche, me subí al volante a las 00:20 y me fui a la cama a las 04:51 (¡con descansos, por supuesto!). Mi descanso más largo del volante fue durante 26 minutos desde las 03:05 hasta las 03:31.
¡Durante las 4 horas y 31 minutos, di la vuelta al volante 11,903 veces! Como la rueda tiene 18 cm de diámetro, esto significa que recorrí 18π⋅11903 / 100 ≈ 6.731 metros. ¡Eso es 4.18 millas!
Galleta de amor x
También he producido un gráfico simple de los datos, que se ve de la siguiente manera:
También he pensado en hacer un desglose por hora para ver en qué momentos está más activo.
Dado mi conocimiento estadístico inexistente, eso es todo lo que puedo pensar. ¿Hay algo más que pueda estar haciendo? (En términos de análisis y visualización). Si requiere capturar datos adicionales, está bien.
Editado para mostrar el inicio del seguimiento de actigrafía
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Respuestas:
En un laboratorio, esto se hace muy a menudo para estudiar ritmos circadianos (es decir, ~ 24 horas de duración).
Si puede registrar la actividad durante largos períodos (digamos unos días), puede hacer un análisis de periodicidad.
La representación habitual de este tipo de datos es el actograma, que también le permite ver si existen diferencias diarias.
En este ejemplo, después del día 8, el mouse se colocó en una oscuridad constante y, como puede ver, aunque el ritmo siempre está allí, se acorta revelando lo que generalmente se llama el "ritmo libre".
Tenga en cuenta que esta imagen es particularmente limpia. ¡A veces tienes actividad durante el día!
De: Medición de respuestas de luz circadianas y agudas en ratones mediante la actividad de la rueda - LeGates y Altimus, JOVE 2011
Este documento ofrece una buena introducción sobre cómo analizar los datos de la rueda:
Una guía para analizar el comportamiento de la rueda circadiana en roedores bajo diferentes condiciones de iluminación - Jud et al. Biol Proced en línea. 2005
También puede hacer un análisis de frecuencia, por ejemplo, utilizando periodogramas de chi-cuadrado.
Ver: El chi cuadrado periodograma: su utilidad para el análisis de los ritmos circadianos. - Sokolove y Bushell, J Theor Biol. 1978 (lo siento, detrás de un muro de pago, pero vea también los árbitros aquí )
Una cosa que puede hacer es ver si estos ritmos cambian durante la semana. Por ejemplo, supongo que te despiertas más tarde (y haces menos ruido) durante los fines de semana.
¿Afecta eso al final de la actividad de la rueda?
¿Cambian los ritmos entre verano e invierno?
Además, si conecta una cámara al sistema, puede hacer un seguimiento de movimiento. Aquí hay un ejemplo de "seguimiento de hámster" usando Python y OpenCV .
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¿Qué preguntas haría sobre los datos?
Todo esto sugeriría diferentes tipos de parcelas. Tiempo agregado en la rueda por día, gráfico en días.
Consulte http://journal.r-project.org/archive/2013-1/hofmann-unwin-cook.pdf para ver cómo trazar datos de diferentes maneras para explorar diferentes cosas, responder diferentes preguntas. Una trama casi nunca es suficiente.
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