Solo para aclarar, es más probable que esto sea el resultado de un mal comportamiento de las aplicaciones de terceros que no utilizan la llamada a la API CreateFile correctamente que cualquier cosa en el propio Windows. Quizás es una consecuencia del diseño de CreateFile, pero hecho está hecho y no podemos volver atrás.
Básicamente, al abrir un archivo en un programa de Windows, tiene la opción de especificar un indicador que permita el acceso compartido. Si no especifica la bandera, el programa toma acceso exclusivo al archivo.
Ahora, si Explorer parece ser el culpable aquí, puede ser el caso que eso sea solo superficialmente, y que el verdadero culpable es algo que instala una extensión de shell que abre todos los archivos en una carpeta para sus propios fines, pero también lo es entusiasta al hacerlo, o eso no se limpia correctamente después de sí mismo. Symantec AV es algo que he visto hacer esto antes, y no me sorprendería que otros programas AV también tuvieran la culpa. Los complementos de control de fuente también pueden tener la culpa.
Entonces, no es realmente una respuesta, pero solo algunos consejos para no siempre culpar a Windows por lo que puede ser un programa de terceros mal escrito (algo que también puede suceder en cualquier otro sistema operativo que tenga bloqueo de archivos implícito, pero cualquier sistema operativo basado en Unix ha compartido el acceso por defecto).