Noto que cuando cargo un archivo de texto, Notepad ++ reconocerá y usará cualquier carácter de nueva línea en ese archivo, \no \r\n.
¿Hay alguna opción donde pueda seleccionar cuál usar en un nuevo documento? (Busqué ayuda y busqué en Google, pero no puedo encontrar nada).

"Editar -> Conversión EOL". Puede convertir a Windows / Linux / Mac EOL allí. El formato actual se muestra en la barra de estado.
fuente
En Windows 10, Notepad 7.8.5, encontré esta solución para convertir de CRLF a LF.
Edit > Format end of liney elija
Windows(CR+LF)oUnix(LF)fuente