No se puede instalar el paquete R en Ubuntu 11.04 [cerrado]

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Soy nuevo en Linux y R.

Instalé R 2.12 en Ubuntu 11.04. Hoy intenté instalar un nuevo paquete, así que ejecuté el siguiente comando:

install.packages('XML')

Pero la instalación falló y dio la siguiente información:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

También probé:

sudo install.packages('XML')

Pero da la misma información de error.

¿Alguien me puede dar algún consejo?

xml r ubuntu installation Derrick Zhang
fuente
Instalar xml2-config?
Wayne Werner
9
Esta pregunta me ayudó (nuevamente) en Ubuntu 14.04
geneorama
2
No sé si la pregunta está fuera de tema o no, pero la respuesta a continuación también resolvió mi problema con Ubuntu Trusty Tahr.
msoftrain
¿Debería esto trasladarse a la pila AskUbuntu? Es una pregunta relacionada con el uso de R o RStudio (¿aunque probablemente ocurre con otro software?), Causado por la falta de paquetes de software necesarios en Ubuntu. Es una pregunta bastante común que parece de acuerdo con la lista "Relacionados" que veo a la derecha. Y podría preguntarse con razón ¿por qué faltan estos paquetes en Ubuntu?
Rick Henderson
1
@rickHenderson También es útil para otras distribuciones de Linux.

Respuestas:

211

El método install.packages

Necesita instalar el paquete ubuntu libxml2-devEntonces, en un indicador de shell, escriba:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Necesitarás sudopoderes especiales para esto.

Método de paquete de Ubuntu

Como Richie y Dirk mencionaron, también puedes usar:

sudo apt-get install r-cran-xml

Si sigue este camino, le recomendaría que consulte la página de fuentes de R ubuntu que garantizará que tenga una versión actual de R y los paquetes de R asociados. Esto podría ser importante si está utilizando la versión LTS de ubuntu.

csgillespie
fuente
1
¿Puedes probar sináptico? busque el paquete que necesita allí
pacomet
r-cran-xml no es suficiente, tuve que hacer libxml2-dev
Ferroao
Compartiendo mi observación para un problema similar que podría ayudar a los usuarios de MAC. Aunque tenía todas las bibliotecas dependientes, todavía recibía errores. Después de muchas pruebas, esto es lo que me salvó. Al instalar a través de rstudio usando install.packages (), aparece un mensaje que pregunta: ¿Desea instalar desde las fuentes el paquete que necesita compilación? y / n: Dé su respuesta aquí como 'n'. Esto funcionó para mí.
minion
En Debian, el tramo solo sudo apt-get install libxml2-deves suficiente para trabajar
Adriano Rivolli
Recibo este error: sudo apt-get install r-cran-xml
Suat Atan PhD
29

La respuesta de Colin es correcta en un sentido estricto, pero al mismo tiempo incorrecta, como puedes decir

 sudo apt-get install r-cran-xml

como XML es uno de los paquetes CRAN disponibles en Ubuntu. Hacer apt-cache search r-cran-*hacer ver a los demás.

Dirk Eddelbuettel
fuente