Mejore el tamaño / espacio de la subtrama con muchas subtramas en matplotlib

Muy similar a esta pregunta, pero con la diferencia de que mi figura puede ser tan grande como debe ser.

Necesito generar un montón de parcelas apiladas verticalmente en matplotlib. El resultado se guardará usando figsave y se verá en una página web, por lo que no me importa qué tan alta sea la imagen final siempre que las subtramas estén espaciadas para que no se superpongan.

No importa cuán grande permita que sea la figura, las subtramas siempre parecen superponerse.

Mi código actualmente se ve así

import matplotlib.pyplot as plt
import my_other_module

titles, x_lists, y_lists = my_other_module.get_data()

fig = plt.figure(figsize=(10,60))
for i, y_list in enumerate(y_lists):
    plt.subplot(len(titles), 1, i)
    plt.xlabel("Some X label")
    plt.ylabel("Some Y label")
    plt.title(titles[i])
    plt.plot(x_lists[i],y_list)
fig.savefig('out.png', dpi=100)

Intenta usar plt.tight_layout

Como un ejemplo rápido:

import matplotlib.pyplot as plt

fig, axes = plt.subplots(nrows=4, ncols=4)
fig.tight_layout() # Or equivalently,  "plt.tight_layout()"

plt.show()

Sin diseño apretado

Con diseño apretado

Puede usar plt.subplots_adjustpara cambiar el espacio entre las subtramas (fuente)

firma de llamada:

subplots_adjust(left=None, bottom=None, right=None, top=None, wspace=None, hspace=None)

Los significados de los parámetros (y los valores predeterminados sugeridos) son:

left  = 0.125  # the left side of the subplots of the figure
right = 0.9    # the right side of the subplots of the figure
bottom = 0.1   # the bottom of the subplots of the figure
top = 0.9      # the top of the subplots of the figure
wspace = 0.2   # the amount of width reserved for blank space between subplots
hspace = 0.2   # the amount of height reserved for white space between subplots

Los valores predeterminados reales son controlados por el archivo rc

Descubrí que subplots_adjust (hspace = 0.001) es lo que terminó funcionando para mí. Cuando uso space = None, todavía hay espacio en blanco entre cada parcela. Sin embargo, establecerlo en algo muy cercano a cero parece obligarlos a alinearse. Lo que he subido aquí no es el código más elegante, pero puedes ver cómo funciona el espacio h.

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.ticker as tic

fig = plt.figure()

x = np.arange(100)
y = 3.*np.sin(x*2.*np.pi/100.)

for i in range(5):
    temp = 510 + i
    ax = plt.subplot(temp)
    plt.plot(x,y)
    plt.subplots_adjust(hspace = .001)
    temp = tic.MaxNLocator(3)
    ax.yaxis.set_major_locator(temp)
    ax.set_xticklabels(())
    ax.title.set_visible(False)

plt.show()

import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure(figsize=(10,60))
plt.subplots_adjust( ... )

El método plt.subplots_adjust :

def subplots_adjust(*args, **kwargs):
    """
    call signature::

      subplots_adjust(left=None, bottom=None, right=None, top=None,
                      wspace=None, hspace=None)

    Tune the subplot layout via the
    :class:`matplotlib.figure.SubplotParams` mechanism.  The parameter
    meanings (and suggested defaults) are::

      left  = 0.125  # the left side of the subplots of the figure
      right = 0.9    # the right side of the subplots of the figure
      bottom = 0.1   # the bottom of the subplots of the figure
      top = 0.9      # the top of the subplots of the figure
      wspace = 0.2   # the amount of width reserved for blank space between subplots
      hspace = 0.2   # the amount of height reserved for white space between subplots

    The actual defaults are controlled by the rc file
    """
    fig = gcf()
    fig.subplots_adjust(*args, **kwargs)
    draw_if_interactive()

o

fig = plt.figure(figsize=(10,60))
fig.subplots_adjust( ... )

El tamaño de la imagen es importante.

"He intentado jugar con hspace, pero aumentarlo solo parece hacer que todos los gráficos sean más pequeños sin resolver el problema de superposición".

Por lo tanto, para hacer más espacio en blanco y mantener el tamaño de subtrama, la imagen total debe ser más grande.

Puedes probar el subplot_tool ()

plt.subplot_tool()

Similar a tight_layoutmatplotlib ahora (a partir de la versión 2.2) proporciona constrained_layout. En contraste con tight_layout, que se puede llamar en cualquier momento en el código para un diseño optimizado único, constrained_layoutes una propiedad, que puede estar activa y optimizará el diseño antes de cada paso de dibujo.

Por lo tanto, debe activarse antes o durante la creación de la subtrama, como figure(constrained_layout=True)o subplots(constrained_layout=True).

Ejemplo:

import matplotlib.pyplot as plt

fig, axes = plt.subplots(4,4, constrained_layout=True)

plt.show()

restricined_layout también se puede establecer a través de rcParams

plt.rcParams['figure.constrained_layout.use'] = True

Vea la entrada de novedades y la Guía de diseño restringido