Cómo analizar XML a marco de datos R

Intenté analizar el marco de datos XML a R, este enlace me ayudó mucho:

cómo crear un marco de datos R a partir de un archivo xml

Pero aún así no pude resolver mi problema:

Aquí está mi código:

data <- xmlParse("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")
xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//data"))[c("location","time-layout")]
step1 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//location/point"))[c("latitude","longitude")]
step2 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//time-layout/start-valid-time"))
step3 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//parameters/temperature"))[c("type="hourly"")]

El marco de datos que quiero tener es así:

latitude  longitude   start-valid-time   hourly_temperature
29.803     -82.411  2013-06-19T15:00:00-04:00    91
29.803     -82.411  2013-06-19T16:00:00-04:00    90

Estoy atrapado en el xmlToDataFrame(), cualquier ayuda sería muy apreciada, gracias.

Los datos en formato XML rara vez se organizan de una manera que permita que la xmlToDataFramefunción funcione. Es mejor extraer todo en listas y luego unir las listas en un marco de datos:

require(XML)
data <- xmlParse("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")

xml_data <- xmlToList(data)

En el caso de sus datos de ejemplo, obtener la ubicación y la hora de inicio es bastante sencillo:

location <- as.list(xml_data[["data"]][["location"]][["point"]])

start_time <- unlist(xml_data[["data"]][["time-layout"]][
    names(xml_data[["data"]][["time-layout"]]) == "start-valid-time"])

Los datos de temperatura son un poco más complicados. Primero debe llegar al nodo que contiene las listas de temperaturas. Luego, necesita extraer ambas listas, buscar dentro de cada una y elegir la que tiene "por hora" como uno de sus valores. Luego, debe seleccionar solo esa lista, pero solo conservar los valores que tienen la etiqueta "valor":

temps <- xml_data[["data"]][["parameters"]]
temps <- temps[names(temps) == "temperature"]
temps <- temps[sapply(temps, function(x) any(unlist(x) == "hourly"))]
temps <- unlist(temps[[1]][sapply(temps, names) == "value"])

out <- data.frame(
  as.list(location),
  "start_valid_time" = start_time,
  "hourly_temperature" = temps)

head(out)
  latitude longitude          start_valid_time hourly_temperature
1    29.81    -82.42 2013-06-19T16:00:00-04:00                 91
2    29.81    -82.42 2013-06-19T17:00:00-04:00                 90
3    29.81    -82.42 2013-06-19T18:00:00-04:00                 89
4    29.81    -82.42 2013-06-19T19:00:00-04:00                 85
5    29.81    -82.42 2013-06-19T20:00:00-04:00                 83
6    29.81    -82.42 2013-06-19T21:00:00-04:00                 80

Utilice xpath de forma más directa para obtener rendimiento y claridad.

time_path <- "//start-valid-time"
temp_path <- "//temperature[@type='hourly']/value"

df <- data.frame(
    latitude=data[["number(//point/@latitude)"]],
    longitude=data[["number(//point/@longitude)"]],
    start_valid_time=sapply(data[time_path], xmlValue),
    hourly_temperature=as.integer(sapply(data[temp_path], as, "integer"))

llevando a

> head(df, 2)
  latitude longitude          start_valid_time hourly_temperature
1    29.81    -82.42 2014-02-14T18:00:00-05:00                 60
2    29.81    -82.42 2014-02-14T19:00:00-05:00                 55

Aquí hay una solución parcial usando xml2. Dividir la solución en trozos más pequeños generalmente facilita asegurar que todo esté alineado:

library(xml2)
data <- read_xml("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")

# Point locations
point <- data %>% xml_find_all("//point")
point %>% xml_attr("latitude") %>% as.numeric()
point %>% xml_attr("longitude") %>% as.numeric()

# Start time
data %>% 
  xml_find_all("//start-valid-time") %>% 
  xml_text()

# Temperature
data %>% 
  xml_find_all("//temperature[@type='hourly']/value") %>% 
  xml_text() %>% 
  as.integer()

Puede probar el siguiente código:

# Load the packages required to read XML files.
library("XML")
library("methods")

# Convert the input xml file to a data frame.
xmldataframe <- xmlToDataFrame("input.xml")
print(xmldataframe)