En mi humilde opinión, la mejor manera es configurar PCH para todo el proyecto, como sugirió martjno, combinado con la capacidad de ignorar PCH para algunas fuentes si es necesario (por ejemplo, fuentes generadas):
# set PCH for VS project
function(SET_TARGET_PRECOMPILED_HEADER Target PrecompiledHeader PrecompiledSource)
if(MSVC)
SET_TARGET_PROPERTIES(${Target} PROPERTIES COMPILE_FLAGS "/Yu${PrecompiledHeader}")
set_source_files_properties(${PrecompiledSource} PROPERTIES COMPILE_FLAGS "/Yc${PrecompiledHeader}")
endif(MSVC)
endfunction(SET_TARGET_PRECOMPILED_HEADER)
# ignore PCH for a specified list of files
function(IGNORE_PRECOMPILED_HEADER SourcesVar)
if(MSVC)
set_source_files_properties(${${SourcesVar}} PROPERTIES COMPILE_FLAGS "/Y-")
endif(MSVC)
endfunction(IGNORE_PRECOMPILED_HEADER)
Entonces, si tiene un MY_TARGET objetivo y una lista de fuentes generadas IGNORE_PCH_SRC_LIST, simplemente hará:
SET_TARGET_PRECOMPILED_HEADER(MY_TARGET stdafx.h stdafx.cpp)
IGNORE_PRECOMPILED_HEADER(IGNORE_PCH_SRC_LIST)
Este enfoque está probado y funciona perfectamente.