Esta es una pregunta conceptual.
¿Cuáles son las diferencias entre estos? ¿Cuáles son los pros y los contras de estos formatos?
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Según Mike Bostock (y otros contribuyentes a la extensión TopoJSON):
TopoJSON es una extensión de GeoJSON que codifica la topología. En lugar de representar geometrías discretamente, las geometrías en los archivos TopoJSON se unen a partir de segmentos de línea compartidos llamados arcos. TopoJSON elimina la redundancia, ofreciendo representaciones de geometría mucho más compactas que con GeoJSON; Los archivos TopoJSON típicos son 80% más pequeños que sus equivalentes GeoJSON. Además, TopoJSON facilita las aplicaciones que usan topología, como la simplificación de formas que conservan la topología, la coloración automática de mapas y los cartogramas.
Una posible desventaja de TopoJSON es que necesita implementar soporte para convertir TopoJSON nuevamente en GeoJSON, para bibliotecas que solo funcionan con GeoJSON.