Para no tener polígonos / características superpuestos, normalmente uso uno o más polígonos para recortar / dar forma a otros polígonos. Esto suele ser mucho más rápido que el rastreo al agregar polígonos, etc. No puedo encontrar esta funcionalidad en QGIS.
El polígono resaltado se superpone con el polígono adyacente (oeste / izquierdo) con el borde recto. Quiero cortar el polígono adyacente con el resaltado.
Puede restar (recortar) un polígono de otra de la misma capa utilizando el complemento Clipper . Tienes que elegir el polígono que deseas recortar y luego haces Vector-> Clipper-> Clip y el complemento resta el polígono del más grande. Luego eliges el polígono recortado y lo eliminas.
Si no puede elegir el polígono que realmente desea porque el QGIS elige el otro, puede usar la herramienta de identificación (i) y luego elegir el polígono correcto utilizando la Selección de función de alternancia de la ventana Identificar. 
Al hacer esto, puede seleccionar el polígono que desee cuando haya una superposición entre las características.
¡Encontré la herramienta que estaba buscando! Se puede hacer usando el complemento llamado " Clipper ".
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Hay un complemento llamado Herramientas de digitalización que tiene la función "Cortar con polígono de otra capa" ...
En la imagen a continuación, estoy editando la capa Verde y tengo una función de polígono seleccionada de la capa Púrpura.
Cuando hago clic en 'cortar con polígono de otra capa', eliminará la parte de la capa verde que había seleccionado en la capa púrpura:
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No necesita instalar ningún complemento para hacer esa operación: use las herramientas SAGA. Vaya a Procesamiento> Herramientas (el panel de herramientas se abre a la derecha de su pantalla)> SAGA> Herramientas de polígono de vector> Autoinjerto de polígono. Esta herramienta básicamente creará una nueva capa compuesta de todas las combinaciones posibles de polígonos intersectados en la misma capa.
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