Abra el esquema de la base de datos, luego elimine todo el contenido de las tablas menu_links y menu_router con las siguientes consultas SQL:
DELETE FROM menu_links;
DELETE FROM menu_router;
Luego ejecute http://example.com/update.php . Llamará a menu_rebuild (), que completará estas tablas con datos 'frescos'. Funcionó para mí después de que un "Error fatal de PHP: sin memoria" convirtió algunos de mis menús en un desastre.
Pero tenga en cuenta que eliminará todos los menús personalizados que deberá reconstruir manualmente. Para evitarlo, puede jugar un poco con la eliminación de algunos registros seleccionados de menu_router y menu_links, pero para mí no funcionó bien.
Y no olvide hacer una copia de seguridad de la base de datos y el directorio del sitio antes de eliminar el contenido de las tablas.
/var/www/htdocs/drupal
y modificarlo es una mala idea. ¿Podría agregar más detalles sobre por qué desea llamar a menu_rebuild?