Durante el proceso de instalación de SQL 2008 R2, le ofrece la opción de cambiar el tipo de inicio.
Puedo ver un ligero deseo de que no se inicie automáticamente dependiendo de para qué lo esté usando. Tengo algunas configuraciones de que el usuario tiene algunos trabajos de Agente que limpian los datos o comienzan a procesarlos de inmediato. Si estoy solucionando problemas o, en general, el servidor se cae, es posible que no quiera que todo ese proceso se inicie nuevamente inmediatamente después de volver a conectar el servidor.
Sin embargo, en la mayoría de los casos verá que el Agente está configurado para iniciarse automáticamente.