Como se comentó, la mejor herramienta es sp_whoIsActive por Adam Machanic . Se puede usar de varias maneras, para ver qué se está ejecutando en el momento en que se inicia el script o se puede ejecutar en bucles para monitorear alguna acción específica, como consultas lentas, por ejemplo.
Para ejecutar en bucle, eche un vistazo aquí: Cómo registrar la actividad usando sp_whoisactive en un bucle 
Para detectar consultas lentas: Cómo usar sp_WhoIsActive para encontrar consultas lentas de SQL Server
Puede usar directamente los DMV para obtener sus consultas más lentas y actuar desde allí. Verifique las consultas de diagnóstico de Glenn Berry .
Y finalmente, puede usar esta consulta para encontrar las consultas que requieren más tiempo. Puedes jugar con dm_exec_query_stats para agregar más datos o unirte a otros para obtener más información. Tenga en cuenta que el dmv se vacía y actualiza cada vez que se reinicia el servidor.
SELECT  creation_time 
        ,last_execution_time
        ,total_physical_reads
        ,total_logical_reads 
        ,total_logical_writes
        , execution_count
        , total_worker_time
        , total_elapsed_time
        , total_elapsed_time / execution_count avg_elapsed_time
        ,SUBSTRING(st.text, (qs.statement_start_offset/2) + 1,
         ((CASE statement_end_offset
          WHEN -1 THEN DATALENGTH(st.text)
          ELSE qs.statement_end_offset END
            - qs.statement_start_offset)/2) + 1) AS statement_text
FROM sys.dm_exec_query_stats AS qs
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(qs.sql_handle) st
ORDER BY total_elapsed_time / execution_count DESC;
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Ya hay una nueva opción disponible desde hace algún tiempo, First Reponder Kit . Es un conjunto de secuencias de comandos, proporcionadas gratuitamente bajo licencia MIT por el equipo de BrentOzar, que ayudarán en diversas tareas, incluida la solicitada por el OP. Principalmente los scripts sp_BlitzFirst y sp_BlitzWho para este caso.