Cada conexión lleva la carga de búferes por conexión según lo establecido por estos parámetros
Cambiar el número de conexiones aumenta la cantidad de memoria cada conexión puede exigir a esto: ( join_buffer_size + sort_buffer_size + read_buffer_size 
+ read_rnd BUFFER_SIZE ) X max_connections
He escrito sobre esto antes
ANÁLISIS
Amazon tiene que establecer el número de conexiones en función del derecho de cada modelo a exigir una cierta cantidad de memoria y conexiones
MODEL      max_connections innodb_buffer_pool_size
---------  --------------- -----------------------
t1.micro   34                326107136 (  311M)
m1-small   125              1179648000 ( 1125M,  1.097G)
m1-large   623              5882511360 ( 5610M,  5.479G)
m1-xlarge  1263            11922309120 (11370M, 11.103G)
m2-xlarge  1441            13605273600 (12975M, 12.671G)
m2-2xlarge 2900            27367833600 (26100M, 25.488G)
m2-4xlarge 5816            54892953600 (52350M, 51.123G)
También escribí sobre esto: ¿ Cuándo debería pensar en actualizar nuestra instancia RDS MySQL en función del uso de memoria?
Esto permite que Amazon haga lo siguiente:
- Cobrarle por cada modelo de memoria basado en el uso continuo de MySQL
- Proporción equitativa de recursos para MySQL RDS por región
- Dispárate en el pie para manipular las configuraciones por conexión
RECOMENDACIÓN
Quizás debería intentar usar Amazon EC2 donde no tiene restricciones de acceso a my.cnf