Diferencia sustancial entre el tamaño de la base de datos en MySQL y el tamaño real en el disco

Cuando verifico el tamaño de mis bases de datos en MySQL obtengo esto:

MariaDB [(none)]> SELECT table_schema "Data Base Name",  sum( data_length + index_length ) / 1024 /  1024 "Data Base Size in MB",  sum( data_free )/ 1024 / 1024 "Free Space in MB"  FROM information_schema.TABLES  GROUP BY table_schema;
+--------------------+----------------------+------------------+
| Data Base Name     | Data Base Size in MB | Free Space in MB |
+--------------------+----------------------+------------------+
| alfresco           |         245.75000000 |      34.00000000 |
| drupal             |         892.15625000 |     216.00000000 |
+--------------------+----------------------+------------------+

Cuando verifico el tamaño en el disco obtengo esto:

$ sudo du -h --max-depth=1 /var/lib/mysql/
317M    /var/lib/mysql/alfresco
1.4G    /var/lib/mysql/drupal

Si combino el espacio usado y el libre proporcionado por Maria DB y lo comparo con las cifras del disco, tengo lo siguiente:

alfresco: DB=279MB  DISK=317MB (+14%)
drupal: DB=1100MB   DISK=1433MB (+30%)

P: ¿Es normal tener tanta sobrecarga en el disco / ¿Hay algo que pueda hacer para reducirlo?

Para su información, pensé que la ejecución de una optimización mysql ayudaría ( usando ese comando ), redujo el tamaño de las bases de datos, pero no cambió el tamaño de los archivos en el disco.

Información adicional:

server:             ubuntu server 10.04 LTS
DB server:          MariaDB
DB engine:          InnoDB v10 (for all tables)
Table collation:    utf8_general_ci
Nb Drupal tables:   416  (0.80MB overhead per table)
Nb Alfresco tables: 84   (0.45MB overhead per table)

Si está utilizando tablas InnoDB, el tamaño de sus archivos ibdata crecerá con el tiempo. Entonces, si emite una DELETEdeclaración, el tamaño de su base de datos se reducirá, pero el archivo ibdata seguirá siendo el mismo (no se reducirá).

Si no está utilizando la innodb_file_per_tableopción, la única forma de recuperar el espacio es volcando la base de datos y restaurando desde el archivo de volcado.

Sin embargo, si está utilizando innodb_file_per_table, puede emitir un

ALTER TABLE foo ENGINE=InnoDB;

en tablas que crecen demasiado para reclamar el espacio en disco.