jstree seleccione todo el nodo visible solamente
var nodes = $('#tree').jstree(true).get_json("#", { flat: true });
$.each(nodes, function (index, value) {
var node = $("#schema").jstree().get_node(this.id);
if (!node.state.hidden) {
$("#tree").jstree("select_node", node.id);
}
});
Jerome Choo