Encontró los archivos de tema en este directorio:
~/Library/Application Support/Sublime Text 2/Packages/Color Scheme - Default/(name_of_theme)
Puede ver qué tema está utilizando yendo a (desde Sublime Text 2)
Sublime Text 2 menu>Preferences>Colour Scheme
y mira cuál está marcado.
Abra el archivo del tema y busque la clave que dice:
<key>selection</key>
No es una de las teclas destacadas.
Vaya a un sitio que muestre códigos de color hexadecimales (como este http://html-color-codes.com/ ) y busque el código para el color que desea. Luego, ingrese su nuevo código de color en la línea debajo de la tecla de selección en el archivo de tema, reemplazando el antiguo código de color hexadecimal.
Guarde el archivo de tema modificado y debería funcionar de inmediato.