El directorio que fue arrastrado se abrirá en la aplicación a la que fue arrastrado (si la aplicación acepta la ruta). ¿Qué pasa en el nivel bajo?
¿Cómo sabe la aplicación que puede abrir ese camino? ¿Cómo proporciona Finder a la aplicación la ruta para abrir?

open -a Application /path/to/openopen /path/to/fileen la línea de comandos / en un script, y el archivo se abrirá con la aplicación predeterminada para ese tipo de archivo. Para directorios, ese es Finder.