Esto se puede hacer, pero no se puede ocultar solo la base por aplicación. Ocultará tanto el Dock como la barra de menús por aplicación.
Solo tiene que hacer una edición rápida y sencilla del archivo plist para la aplicación. Revisa Este artículo de Mac OS X Sugerencias:
Para piratear una aplicación de modo que cuando esté activa, la barra de menú y el dock estén ocultos, debe encontrar su archivo info.plist. Presione la tecla Control y haga clic en el programa en cuestión, elija Mostrar contenido del paquete en el menú emergente y luego navegue a la carpeta Contenido.
Una vez allí, agregue lo siguiente al archivo:
<key>LSUIPresentationMode</key>
<integer>4</integer>
Asegúrese de que vaya en orden alfabético, de lo contrario no funcionará (es decir, LSUIPresentationMode va después de LSMinimumSystemVersion pero antes de NSAppleScriptEnabled). Guarda el archivo y disfruta.
Puede cambiar el valor (en el ejemplo, es 4) a 0 - 4. La documentación de Apple tiene más detalles :
Valor: 0
Modo normal. En este modo, todos los elementos de la IU del sistema estándar son visibles. Este es el valor predeterminado.
Valor: 1
Modo de contenido suprimido. En este modo, los elementos de la IU del sistema en el área de contenido de la pantalla están ocultos. Los elementos de la interfaz de usuario pueden mostrarse automáticamente en respuesta a los movimientos del mouse u otra actividad del usuario. Por ejemplo, el Dock puede mostrarse cuando el mouse se mueve a la región de visualización automática del Dock.
Valor: 2
Contenido oculto en modo. En este modo, los elementos de la IU del sistema en el área de contenido de la pantalla están ocultos y no se muestran automáticamente en respuesta a los movimientos del mouse o la actividad del usuario.
Valor: 3
Todo modo oculto. En este modo, todos los elementos de la interfaz de usuario están ocultos, incluida la barra de menús. Los elementos no se muestran automáticamente en respuesta a los movimientos del mouse o la actividad del usuario.
Valor: 4
Todo modo suprimido. En este modo, todos los elementos de la interfaz de usuario están ocultos, incluida la barra de menús. Los elementos de la interfaz de usuario pueden mostrarse automáticamente en respuesta a los movimientos del mouse u otra actividad del usuario. Esta opción solo está disponible en Mac OS X 10.3 y versiones posteriores.