Sí, LaunchAgentssolo se invoca cuando el usuario inicia sesión en una sesión gráfica.
LaunchDaemons normalmente se inician cuando el sistema arranca y se ejecutan fuera de una sesión de usuario específica.
La página del manual de launchd enumera estas carpetas con descripciones breves:
Archivos
~/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por el usuario.
/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por el administrador.
/Library/LaunchDaemons Demonios en todo el sistema proporcionados por el administrador.
/System/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por Mac OS X.
/System/Library/LaunchDaemons Demonios de todo el sistema proporcionados por Mac OS X.