Si reproduce el podcast antes de eliminarlo, iTunes grabará ese hecho y sincronizará esta información con la biblioteca principal, incluso si elimina el episodio antes de conectarse a la sincronización (a través de USB en iOS4).
La respuesta a su pregunta depende más de cómo haya configurado la sincronización. Si el episodio sigue siendo uno que se sincronizaría (después de cualquier transferencia de información de reproducción), volverá a aparecer después de la sincronización.
Ya sea que escuches el episodio o no, no se eliminará en la biblioteca principal simplemente porque lo eliminaste de un dispositivo iOS. Puede eliminarse si tiene ese podcast configurado para que se elimine automáticamente una vez que haya escuchado los episodios anteriores, pero esto se debe a la escucha y la sincronización posterior, no a la eliminación.