No es posible (al menos no lo sé) especificar el directorio de destino de Filevault. Funcionará trabajando automáticamente con su carpeta de inicio creando (si está en Leopard o superior) un paquete disperso (o una imagen de disco disperso si está en Tiger). La razón del cambio tiene que ver con Time Machine (y para permitir, en cierta medida, hacer una copia de seguridad de una casa FileVaulted ).
Sin embargo, puede prácticamente "replicar" la funcionalidad de FileVault para una (s) carpeta (s) específica (s) utilizando la Utilidad de Discos para crear una imagen encriptada dispersa de la Carpeta en cuestión. Tendría que montar esta imagen cada vez que quiera usarla, pero el "efecto" es similar.
Puede crear enlaces simbólicos a los archivos y agregar la imagen a los elementos de inicio de sesión si tiene una aplicación que necesita los datos en su ubicación original (que es bastante común). Posiblemente tendrá que agregar la contraseña de la imagen al "Llavero" para que se expanda automáticamente.
También sería importante leer acerca de las limitaciones de Time Machine , ya que un directorio de inicio de FileVault solo puede ocurrir cuando se inicia sesión (o se cierra). Para que Time Machine actúe de forma regular, necesita la edición de OS X Server como objetivo.
De acuerdo con la entrada de Wikipedia (que debería haber citado al principio ya que tiene toda esta información, mejor escrita y más completa):
FileVault se limita a encriptar directorios de inicio solo en versiones de Mac OS X anteriores a 10.7, y solo esos directorios en su totalidad. FileVault puede cifrar discos completos a partir de Mac OS X versión 10.7
(énfasis agregado por mí)
Queda por ver si esto es cierto o no, ya que no especulamos sobre versiones futuras, pero tenga esto en cuenta.
Como alternativa, hay programas "múltiples" que también lo ayudarán a mantener una "bóveda" segura de las cosas. Estoy mencionando Exces porque lo tengo de un paquete hace un par de años. Lo usé tres veces y funciona; puede haber alternativas gratuitas (además de utilizar la "Utilidad de disco" simple).
Actualización : se agregó el enlace proporcionado por Kyle, porque explica cómo hacerlo, pero mantuvo mi respuesta porque es "más largo" :)